Diese wurde in den Jahren 1909/10 im neugotischen Stil erbaut und ist der Hl. Dreifaltigkeit geweiht. Die Kirche steht neben dem Rosenbergschulhaus über dem Dorf. Sie wurde 1980 innen und aussen renoviert.

Ein wichtiger Ort für die Pflege und Förderung des Pfarreilebens ist nebst dem Gotteshaus auch das Vikariat (Pfarrheim) mit einem Saal und diversen Gruppenzimmern. Diese Begegnungstätte ist aus dem Leben der Pfarrei nicht mehr wegzudenken.

Es steht auf einem Felsvorsprung. Es ist der heiligen Margareta geweiht. Der Grundstein dazu wurde nach Auskunft der Historiker bereits im 9. Jahrhundert gelegt; der Bau selbst erfolgte in mehreren Etappen; daraus erklären sich verschiedene Stilelemente aus Romanik, Gotik und Barock.

Das Alte Kirchlein ist das älteste Gebäude von St. Margrethen und zugleich das Wahrzeichen unseres Dorfes. Seit 1939 steht es unter eidgenössischem Denkmalschutz.

1993 erfolgte die Aussenrenovation; die Innenrenovation wurde Ende April 1996 abgeschlosssen.

Das Alte Kirchlein wird für Bestattungsgottesdienste, Trauungen und besinnliche Anlässe benutzt.